آیت الله مهدوی‏کنی، دبیر کل جامعه روحانیت مبارز ، در خصوص حمایت از دکتر احمدی‏نژاد گفته : به شدت عملکرد دولت قابل دفاع است و این بدین معنا نیست که انتقاد یا اشکالی نداریم. بحث فراتر از این دعواهای بیهوده سیاسی است. بحث جریان است، اگر طرف نیروهای انقلاب نباشیم کدام طرف هستیم؟ روحانیت باید به وظیفه تاریخی خود دقت کند و طوری رفتار نکنیم که با رها کردن ما، همه نیروهای اصیل به جهت و طرفی بروند که انتظار نیست.
آیت الله مهدوی‏کنی حمایت از دکتر احمدی‏نژاد را حمایت از گفتمان امام، انقلاب و رهبری ذکر کرد و گفت: شعارهای آقای احمدی‏نژاد انقلابی است و نشان می‏دهد ایشان محکم پیرو خط امام و رهبریست و ایستادگی وی هم بر ارزش‌ها و اصول چه در عرصه داخلی و چه عرصه بین‏المللی بی‏نظیر است.
دبیر کل جامعه روحانیت مبارز، با اشاره به ویژگی‏های شخص رییس‏جمهور گفت: آقای احمدی‏نژاد با برخورداری از روحیه ساده‌ زیستی، مبارزه با اشرافی‌گری و روحیه مردمی، شایسته حمایت روحانیت است.
به دنبال تصمیم آیت‏الله مهدوی‏کنی مبنی بر حمایت از دکتر محمود احمدی‏نژاد، آقای هاشمی‏رفسنجانی، تهدیدکرد، در صورت حمایت جامعه روحانیت مبارز از محمود احمدی‏نژاد، از این تشکل موثر روحانی، استعفا خواهد داد. هاشمی‏رفسنجانی در تماس تلفنی با آیت‏الله مهدوی‏کنی از احتمال حمایت جامعه روحانیت مبارز از احمدی‏نژاد ابراز نگرانی کرده و از استعفای خود در این صورت خبر داده است.

 گفته می شود: تهدید به استعفا از سوی هاشمی‏رفسنجانی در شرایطی مطرح می‏شود که وی حدود 20‌سال است صرفا در جلسات مربوط به انتخابات و آن هم در دفترش شرکت می‏کند و عملا به عنوان عضو غایب جامعه روحانیت مبارز محسوب می‏شود.